De beoordelingen voor de VISwijzer zijn uitgevoerd door Good Fish Foundation en het Wereld Natuur Fonds. Voor de beoordelingen worden de meest recente wetenschappelijke gegevens over visbestanden gebruikt.

Elke vissoort wordt apart beoordeeld. De beoordelingsmethode bestaat uit een vragenlijst voor wild gevangen vissoorten en een vragenlijst voor gekweekte vissoorten. Voor elke vissoort moet je weten waar de vis vandaan komt en met welke techniek de vis is gevangen of gekweekt. In de vragenlijsten komen allerlei belangrijke milieu- en duurzaamheidsonderwerpen aan de orde. Per vraag zijn punten te verdienen. De hoeveelheid punten bepaalt of de vis in het rood, oranje of groen komt. Wanneer een vis 0 – 40% heeft, is deze vis rood. Wanneer deze 40 – 60% van de punten haalt, is deze oranje. Wanneer deze de vis meer dan 60% haalt, valt die in de groene kolom.